Има десет училищни истории, в които играчите могат да си потънат в Lost Judgment, много от които предлагат свои собствени уникални и приятни мини-игри.

Достъпен от	Глава 2: Порочен цикъл
Изисквания за отключване	Станете външен съветник на клуба (автоматично)
Придобити лидерски качества	N/A
Основно местоположение	Гимназия Seiryo, 1F

MRC не само е първата училищна история, до която играчите ще получат достъп, но е и последната, която ще завършат. В него се вижда, че Так и Амасава разследват Професора: мистериозна фигура с връзки с нечестиви дейности из целия град. Това е далеч най-изчерпателната от десетте истории, но всъщност не започва, докато останалите девет не бъдат напълно проучени.

Танцов клуб

Достъпен от	Глава 2: Порочен цикъл
Изисквания за отключване	Завършете урока за MRC (автоматично)
Придобити лидерски качества	Екипна работа и обжалване
Основно местоположение	Гимназия Seiryo, B1F

Разследването на Dance Club вижда, че Так става външен съветник на Seiryo Rabbits: танцова трупа с големи мечти да отиде на национално ниво. Играчите ще трябва да участват в мини-игра, базирана на ритъм, както и да завършат няколко мини-разследвания, за да им помогнат да постигнат целта си.

Клуб по роботика

Достъпен от	Глава 3: Две страни на една и съща монета
Изисквания за отключване	Елате първи във второто състезание на Dance Club
Придобити лидерски качества	Екипна работа и фокус
Основно местоположение	Гимназия Seiryo, 4F

Когато характерните болтове на Клуба по роботика на Seiryo High са открити на местопрестъплението, Амасава предлага Так да разследва. За да спечелят доверието им и да стигнат до дъното на мистерията, играчите ще трябва да завършат базирана на територията мини-игра, включваща роботи и да помогнат на клуба да спечели състезанието Robot RE Rally.

Боксова фитнес зала

Достъпен от	Глава 3: Две страни на една и съща монета
Изисквания за отключване	Достигнете ниво 2 във фокус
Придобити лидерски качества	Фокус и мъжество
Основно местоположение	Боксова зала Тодороки

Когато мистериозна фигура, известна като Payback Boxer, започва да атакува хора, Так се записва в местната боксова зала, за да разбере кой стои зад атаките. Играчите ще трябва да победят много боксьори, за да завършат разследването, както и да помогнат на Payback Boxer да преодолее демон от миналото си.

Банда на колоездачите

Достъпен от	Глава 3: Две страни на една и съща монета
Изисквания за отключване	Достигнете ниво 2 в Guts
Придобити лидерски качества	Обжалване и смелост
Основно местоположение	Гараж

Разследването на Biker Gang вижда играчи да участват в специална мини игра Death Race, за да проникнат и разпуснат местна мотоциклетна банда. Те ще трябва да завършат общо 12 от тези състезания, като всяко е по-трудно от предишното. Има също мисия за опашване и участват някои цветни герои.

Клуб по фотография

Достъпен от	Глава 3: Две страни на една и съща монета
Изисквания за отключване	Достигнете ниво 5 във всяка категория за лидерство
Придобити лидерски качества	Фокусиране
Основно местоположение	Гимназия Seiryo, 3F

The Photography Club е една от по-кратките училищни истории в Lost Judgment, като играчите просто трябва да направят три снимки, за да го завършат. Последната обаче е предшествана от доста досадна мисия за проникване, която може да отнеме на някои играчи няколко опита да овладеят.

скейтъри

Достъпен от	Глава 3: Две страни на една и съща монета
Изисквания за отключване	Достигнете ниво 3 в екипната работа
Придобити лидерски качества	Обжалване и фокус
Основно местоположение	Парк Хамакита

Въпреки че със сигурност е функционална, мини-играта за скейтборд, която се представя като част от сюжета на Skaters, е невероятно основна. Добрата новина е също така, че е много кратък, като играчите просто трябва да извършат няколко бягания, за да разкрият истината зад двойка враждуващи скейтъри.

Клуб за електронни спортове

Достъпен от	Глава 3: Две страни на една и съща монета
Изисквания за отключване	Достигнете ниво 2 в обжалването
Придобити лидерски качества	Фокусиране
Основно местоположение	Гимназия Seiryo, 4F

Разследването на eSports Club също е доста кратко. Играчите ще трябва да разберат дали лидерът на клуба е изневерил в скорошен турнир, въпреки че няма да могат да го направят, докато не победят всеки член на клуба в игра на Virtua Fighter 5 Final Showdown. За щастие, всички те са доста лоши, така че това не трябва да отнема повече от няколко минути.

Казино

Достъпен от	Глава 4: Червен нож
Изисквания за отключване	Победете изследователския клуб за роботи на Техническия колеж Икеда
Придобити лидерски качества	Фокус и мъжество
Основно местоположение	Тайно казино

Историята на казиното изисква играчите да разследват президента на клуба за настолни игри, който наскоро започна да залага в подземно казино. За да завършат краткото разследване, те ще трябва да я проследят до казиното, да получат достъп и след това да намерят начин да анулират нейните забележителни умения за четене, за да я победят в ръката на покер.

Бар за момичета

Достъпен от	Глава 4: Червен нож
Изисквания за отключване	Tail Bomber като част от сюжетната линия на Biker Gang
Придобити лидерски качества	Обжалване
Основно местоположение	Ухапване на момиче

За да завършат историята на Girl’s Bar School Story, играчите ще трябва да спечелят доверието на популярен служител в Girl’s Bar, като станат редовни в нейния клуб и се сприятеляват с някои от нейните колеги. Това може да стане, като им купите напитки и след това играете мини-игра с конструктор на пияни изречения или ги биете на дартс. Това е и единственият начин да отключите няколко от страничните калъфи на играта и определено си струва да завършите въпреки донякъде досадния си характер.