Mortal Kombat 11 има много нови и завръщащи се бойци, но поради сюжетни събития и други причини, някои герои от MKX не се върнаха.
Главният антагонист на Mortal Kombat X, Shinnok, е могъщ по-стар бог, който се стреми да шие разрушения в царствата. Райдън нарушава плановете на Кроника, като обезглавява Шиннок, обезглавявайки го завинаги. Уменията на Shinnok като магьосник се съпоставят само с демона Quan Chi, който се опита да освободи Shinnok от затвора в историята на Mortal Kombat X. По време на това Скорпион научава, че Куан Чи е отговорен за убийството на неговия клан и семейство и го обезглавява като отмъщение. Кенши вижда това и бягството на Шиннок от затвора, но е нокаутиран и не се вижда отново до Mortal Kombat 11.
В Mortal Kombat 11 Krypt играчите могат да намерят мъртвото тяло на Кенши и червената му превръзка на очите, която позволява да се виждат духове. В Крипта е и четириръкият Шокан, Горо. Тялото му може да бъде намерено в секцията бърлогата на Горо на Крипта. В предишната игра Ferra/Torr беше любим на феновете боец, въпреки че нямаше голяма сюжетна роля. Взаимодействието между Колектор и Д’Вора в Mortal Kombat 11 твърди, че последният е открил телата им. Ако се вярва, тогава или дуото е починало от неизвестни причини, или самата Д’Вора. Един от най-старите бойци, Ermac, не се появява в Mortal Kombat 11. След поражението на Shinnok настоящият му статус все още е неизвестен.
Камео бойци
В Mortal Kombat X има трима бойци, които, въпреки че не могат да се играят в MK11, все още имат малки камеи. Такеда Такахаши е видян за последно да се държи за ръце с другата новак Джаки Бригс в Mortal Kombat X. Разкрива се, че двойката са се оженили в периода между игрите, което представлява рядък щастлив край за поредицата. Друг камео боец е Kung Jin, който се появява в няколко модификатора на кули и отваря диалоги за битки. Не на последно място е любимият Reptile, на когото мнозина се надяваха в Kombat Pack. В момента той е жив, както се вижда в режим Krypt. Има и няколко препратки към него, като например способността за плъзгане на Shang Tsung и алтернативните скинове на Scorpion.
Всеки отделен DLC боец за Mortal Kombat X също не се появява в MK11. Това не е изненадващо, като се има предвид, че тези бойци винаги не са свързани с историята и повече от това са просто начини за Netherrealm Studios да експериментират. Дали някой от гореспоменатите бойци ще се върне по някакъв начин от мъртвите или ще се появи отново като пълноправен боец, предстои да видим. Съобщава се, че студиото работи върху Mortal Kombat 12 вместо предполагаемата Injustice 3, така че феновете на поредицата може да не трябва да чакат толкова дълго, колкото последния път, за да разберат.
Говори се, че Mortal Kombat 12 е в процес на разработка.