En af de mere interessante teorier inden for science fiction, der går rundt lige nu, er, at Matrix og Terminator finder sted i det samme univers.
Efterhånden som historien går, forsøgte mennesker at udslette solen for at stoppe maskinerne i deres spor. Hvad der faktisk er Skynet lærer at tilpasse sig og begynder at høste mennesker for at bruge som en alternativ energikilde. Denne del af teorien passer faktisk ind i mindst et par scener af nogle af Terminator -film. Hver gang så ofte er mennesker i stand til at bryde en maskine “lejr” kun for at finde mennesker, der er låst som krigsfanger. Dette mødes altid med en vis forvirring, fordi det ikke giver en hel del mening for en hær af drabsmaskiner at holde fanger, men hvad nu hvis der er en anden grund til, at Skynet begyndte at låse folk op? Hvad hvis dette var begyndelsen på opbevaring af mennesker til at “genbruge” senere for at bruge til energi? Med John ikke der for at stoppe dem på tidslinjen, hvor begge filmfranchiser bygger på hinanden, er John ikke der for at besejre maskinerne og tilsyneladende stoppe netop denne “mennesker er energi” plot, der er klekket og udføres i hele Matrix film.
Der er nogle problemer med ideen om, at Matrix og terminator, der findes i det samme univers. Den første mærkelighed er selvfølgelig, at der aldrig er et glimt af den slags humanoide maskiner, som Arnold Schwarzenegger er så berømt for at spille. Naturligvis kan dette særlige emne vinkes væk med en temmelig enkel forklaring. Matrix er langt ind i fremtiden sammenlignet med terminator historie. Det er muligt, at maskinerne har indset, at formen vises mod Neo, Morpheus, og resten behøver ikke at være humanoid. Faktisk, fordi menneskeheden lever under jorden, er graverne langt mere nyttige. Skynet er bestemt kendt for at tilpasse sig, hvad den skal gøre for at vinde. Hoppet ind i den fjerne fremtid ville også forklare, hvorfor ingen, der stadig lever, nogensinde nævner, at AI, der startede vejen, blev kaldt Skynet. Dette navn kunne gå tabt til tiden.
Det andet store problem med denne teori er, at en udskiftning af de originale film, animatrix betragtes som kanon i dette univers. I den animerede version af Matrix er begyndelsen på konflikten mellem maskiner og mennesker vist meget detaljeret. Der er dog også en vej omkring denne forklaring. Når seerne bevæger glemt eller slettet fra menneskets historie. Dette er grunden til, at mennesker ikke er klar over, at Neo ikke er den første leder af Messias-typen. Det er grunden til, at der faktisk har været flere mennesker kendt som “den”, der kommer gennem deres verden. Det kræver ikke et kæmpe spring at indse, at måske historien om krigen, der fortælles i animatrix , faktisk er den historie, som maskinerne ønsker, at folk skal tro, er den virkelige historie.
Det store spørgsmål, hvis det var tilfældet, er, hvorfor ville uanset hvilken Skynet der er blevet, da seerne henter historien i matrixen, er hvorfor det følte behovet for at slette krigens virkelige historie. Det synes ærligt at være det bedste argument mod ideen om terminator og denne anden historie er i det samme univers. Det er en, der er virkelig svært at forklare væk. I denne periode ser det ikke ud til, at der ville være noget rim eller grund til, hvorfor det ville udslette ideen om terminatoren fra menneskehedens hukommelse. Selvfølgelig har Skynet sine egne motiver for alle de ting, det er gjort, herunder at engagere sig i krigen i første omgang.