Mortal Kombat 11 har mange nye og tilbagevendende jagerfly, men på grund af historiebegivenheder og andre årsager kom nogle MKX-karakterer ikke tilbage.
Hovedantagonisten til Mortal Kombat X, Shinnok, er en magtfuld ældste Gud, der søger at sy ødelæggelse på tværs af rigerne. Raiden forstyrrer Kronikas planer ved at halshugge Shinnok, hvilket gør ham permanent uarbejdsdygtig. Shinnoks evner som troldmand matches kun af dæmonen Quan Chi, der forsøgte at løslade Shinnok fra fængslet i Mortal Kombat X-historien. I løbet af dette finder Scorpion ud af, at Quan Chi er ansvarlig for mordet på sin klan og familie og halshuggede ham som hævn. Kenshi ser dette og Shinnoks flugt fra at blive fængslet, men bliver slået ud og ses ikke igen før Mortal Kombat 11.
I Mortal Kombat 11’s Krypt kan spillere finde Kenshis døde krop og hans røde bind for øjnene, som gør det muligt at se ånder. Også i Krypt er den firearmede Shokan, Goro. Hans lig kan findes i Goro’s Lair-sektionen af Krypt. I det forrige spil var Ferra/Torr en fan-favorit fighter, selvom han ikke havde en stor historierolle. En interaktion mellem Kollector og D’Vorah i Mortal Kombat 11 har sidstnævnte hævder at have fundet begge deres kroppe. Hvis man troede, døde enten duoen af ukendte årsager eller D’Vorah selv. En af de ældste jagerfly, Ermac, dukker ikke op i Mortal Kombat 11. Efter Shinnok’s nederlag er hans nuværende status stadig ukendt.
Cameo Fighters
Der er tre kæmpere i Mortal Kombat X, som, selvom de ikke kan spilles i MK11, stadig har små cameos. Takeda Takahashi er sidst set holde hånd med andre nytilkomne Jacqui Briggs i Mortal Kombat X. Det er afsløret, at parret er blevet gift i tiden mellem spil, hvilket repræsenterer en sjælden lykkelig slutning for serien. En anden cameo fighter er Kung Jin, der gør sin optræden i flere tårnmodifikatorer og åbner kampdialoger. Sidst men ikke mindst er det elskede Reptile, som mange håbede på i en Kombat Pack. Han er i øjeblikket i live som set i Krypt-tilstanden. Der er også flere referencer til ham, såsom Shang Tsungs glideevne og Scorpions alternative skind.
Hver enkelt DLC-fighter til Mortal Kombat X optræder heller ikke i MK11. Dette er ikke overraskende, da disse fightere altid ikke er relateret til historien, og mere er det bare måder for Netherrealm Studios at eksperimentere. Hvorvidt nogen af de førnævnte kæmpere vil komme tilbage fra de døde på en eller anden måde eller gøre en anden optræden som en fuldgyldig fighter, er endnu uvist. Studiet arbejder angiveligt på Mortal Kombat 12 i stedet for den antagne Injustice 3, så fans af serien behøver muligvis ikke vente lige så længe som sidste gang for at finde ud af det.
Mortal Kombat 12 siges at være under udvikling.