A Mortal Kombat 11 számos új és visszatérő harcost tartalmaz, de történeti események és egyéb okok miatt néhány MKX karakter nem tért vissza.

A Mortal Kombat X fő ellenfele, Shinnok egy hatalmas vén Isten, aki pusztítást akar varrni a birodalmakon keresztül. Raiden megzavarja Kronika terveit azáltal, hogy lefejezi Shinnokot, ezzel végleg cselekvőképtelenné teszi. Shinnok varázslói képességei csak Quan Chi démonnal párosulnak, aki a Mortal Kombat X történetben próbálta kiszabadítani Shinnokot a börtönből. Ezalatt Scorpion megtudja, hogy Quan Chi felelős klánja és családja meggyilkolásáért, és bosszúból lefejezte. Kenshi ezt és Shinnok börtönből való megszökését nézi, de kiesik, és csak a Mortal Kombat 11ig látják.

A Mortal Kombat 11 kriptában a játékosok megtalálhatják Kenshi holttestét és vörös szemkötőjét, amely lehetővé teszi a szellemek megtekintését. Szintén a kriptában van a négykarú Shokan, Goro. Holtteste a kripta Goro’s Lair részében található. Az előző játékban Ferra/Torr a rajongók kedvence volt annak ellenére, hogy nem játszott nagy sztoriszerepet. Kollector és D’Vorah közötti interakció a Mortal Kombat 11ben azt állítja, hogy mindkét testüket megtalálták. Ha elhiszik, akkor vagy a páros halt meg ismeretlen okból, vagy maga D’Vorah. Az egyik legrégebbi harcos, Ermac nem jelenik meg a Mortal Kombat 11ben. Shinnok veresége után jelenlegi állapota továbbra sem ismert.

Cameo Fighters

Három olyan harcos van a Mortal Kombat Xben, akik bár nem játszhatók az MK11-ben, még mindig vannak kis kameák. Takeda Takahashit utoljára a Mortal Kombat Xben láthatták kézen fogva az újonc, Jacqui Briggs-szel. Kiderült, hogy a pár a két meccs között összeházasodott, ami ritka happy end a sorozat számára. Egy másik cameo harcos Kung Jin, aki több toronymódosítóban és nyitó harci párbeszédben is feltűnik. Végül, de nem utolsósorban a szeretett Reptile, akit sokan egy Kombat Packben reméltek. Jelenleg a Kript módban látható módon él. Számos utalás is van rá, mint például Shang Tsung csúsztatási képessége és Scorpion alternatív skinjei.

A Mortal Kombat X egyetlen DLC-harcosa sem jelenik meg az MK11-ben. Ez nem meglepő, mivel ezek a harcosok mindig nem kapcsolódnak a történethez, sőt inkább csak módozatok. hogy a Netherrealm Studios kísérletezzen. Hogy a fent említett harcosok közül bármelyik visszajön-e valamiképpen a halálból, vagy ismét teljes értékű harcosként jelenik meg, az majd kiderül. A stúdió a hírek szerint a feltételezett Injustice 3 helyett a Mortal Kombat 12en dolgozik, így a sorozat rajongóinak nem kell olyan sokáig várniuk, mint legutóbb, hogy megtudják.

A pletykák szerint a Mortal Kombat 12 fejlesztés alatt áll.