En av de mer interessante teoriene innen science fiction som går rundt akkurat nå, er at matrisen og terminatoren finner sted i samme univers.

Mens historien går, prøvde menneskene å utslette solen for å stoppe maskinene i sporene sine. Det som faktisk er Skynet, lærer å tilpasse seg og begynner å høste mennesker for å kunne bruke som en alternativ energikilde. Denne delen av teorien passer faktisk inn i minst noen få scener av noen av Terminator -filmene. Noen ganger er menneskene i stand til å bryte et maskin «-campment» bare for å finne mennesker innelåst som krigsfanger. Dette blir alltid møtt med en viss forvirring fordi det ikke gir mye mening for en hær av drapsmaskiner for å holde fanger, men hva om det er en annen grunn til at Skynet begynte å låse folk opp? Hva om dette var begynnelsen på lagring av mennesker for å «resirkulere» senere for å bruke til energi? Med John som ikke er der for å stoppe dem på tidslinjen der begge filmfranchisene bygger på hverandre, er ikke John der for å beseire maskinene og tilsynelatende stoppe denne spesielle «mennesker er energi» -plottet som er blitt klekket ut og blir utført gjennom The Matrix filmer.

Det er noen problemer med ideen om at matrisen og Terminator som eksisterer i samme univers. Den første underligheten selvfølgelig er at det aldri er et glimt av den typen humanoidmaskiner Arnold Schwarzenegger er så kjent for å spille. Selvfølgelig kan denne spesielle saken vinket bort med en ganske enkel forklaring. Matrix er langt inn i fremtiden sammenlignet med Terminator -historien. Det er mulig at maskinene har innsett at formen vises mot Neo, Morpheus og resten ikke trenger å være humanoid. Fordi menneskeheten lever under jorden, er gravene langt mer nyttige. Skynet er absolutt kjent for å tilpasse seg hva den trenger å gjøre for å vinne. Hoppet inn i den fjerne fremtiden vil også forklare hvorfor ingen som fremdeles er i live noensinne nevner at AI som startet veien ble kalt Skynet. Det navnet kan gå tapt for tiden.

Det andre store problemet med denne teorien er at en avlegger av de originale filmene, animatrix regnes som kanon i det universet. I den animerte versjonen av The Matrix , vises begynnelsen av konflikten mellom maskiner og mennesker i detalj. Imidlertid er det en vei rundt denne forklaringen også. Når seerne flytter fra matrisen til matrix lastet inn til matrix -revolusjoner , blir det ganske tydelig at deler av det som faktisk skjedde i den opprinnelige krigen har vært glemt, eller slettet fra menneskets historie. Dette er grunnen til at menneskene ikke er klar over at Neo ikke er den første lederen av Messias-typen. Det er grunnen til at det faktisk har vært flere mennesker kjent som «den» som kommer gjennom deres verden. Det krever ikke et gigantisk sprang å innse at kanskje krigens historie som blir fortalt i animatrix faktisk er historien som maskinene ønsker at folk skal tro er den virkelige historien.

Det store spørsmålet om det var tilfelle er hvorfor det som Skynet har blitt av det tidspunktet seerne plukket opp historien i The Matrix, er hvorfor det skulle føle behov for å slette krigens virkelige historie. Det ser ærlig ut til å være det beste argumentet mot ideen om Terminator og denne andre historien er i samme univers. Det er en som er veldig vanskelig å forklare bort. I løpet av denne perioden ser det ikke ut til at det vil være noe rim eller grunn til at det ville utslette ideen om Terminator fra menneskehetens minne. Selvfølgelig har Skynet sine egne motivasjoner for alle tingene det er gjort, inkludert å delta i krigen i utgangspunktet.