Mortal Kombat 11 har mange nye og tilbakevendende jagerfly, men på grunn av historiehendelser og andre årsaker kom ikke noen MKX-karakterer tilbake.
Hovedantagonisten til Mortal Kombat X, Shinnok, er en mektig eldste gud som søker å sy ødeleggelse over rikene. Raiden forstyrrer Kronikas planer ved å halshugge Shinnok, og uføre ham permanent. Shinnoks ferdigheter som trollmann matches bare av demonen Quan Chi som forsøkte å frigjøre Shinnok fra fengslingen i Mortal Kombat X-historien. I løpet av dette får Scorpion vite at Quan Chi er ansvarlig for drapet på klanen og familien hans og halshugget ham som hevn. Kenshi ser på dette og Shinnoks flukt fra å bli fengslet, men blir slått ut og blir ikke sett igjen før Mortal Kombat 11.
I Mortal Kombat 11s Krypt kan spillere finne den døde kroppen til Kenshi og hans røde bind for øynene som gjør at ånder kan sees. Også i Krypt er den firearmede Shokan, Goro. Kroppen hans kan bli funnet i Goro’s Lair-delen av Krypt. I det forrige spillet var Ferra/Torr en fan-favoritt fighter til tross for at han ikke hadde en stor historierolle. En interaksjon mellom Kollector og D’Vorah i Mortal Kombat 11 har sistnevnte påstand om å ha funnet begge likene deres. Hvis du tror, døde enten duoen av ukjente årsaker eller D’Vorah selv. En av de eldste jagerflyene, Ermac, dukker ikke opp i Mortal Kombat 11. Etter nederlaget til Shinnok er hans nåværende status fortsatt ukjent.
Cameo Fighters
Det er tre jagerfly i Mortal Kombat X som, selv om de ikke kan spilles i MK11, fortsatt har små cameos. Takeda Takahashi er sist sett holde hender med andre nykommer Jacqui Briggs i Mortal Kombat X. Det er avslørt at paret har giftet seg i tiden mellom kampene, noe som representerer en sjelden lykkelig slutt for serien. En annen cameo fighter er Kung Jin som dukker opp i flere tårnmodifikatorer og åpne kampdialoger. Sist men ikke minst er den elskede Reptilen, som mange håpet på i en Kombat Pack. Han er for øyeblikket i live som sett i Krypt-modus. Det er også flere referanser til ham, for eksempel Shang Tsungs glideevne og Scorpions alternative skinn.
Hver eneste DLC-fighter for Mortal Kombat X dukker heller ikke opp i MK11. Dette er ikke overraskende gitt at disse jagerflyene alltid ikke er relatert til historien, og enda mer er bare måter for Netherrealm Studios å eksperimentere. Om noen av de nevnte jagerflyene vil komme tilbake fra de døde på en eller annen måte eller gjøre en ny opptreden som en fullverdig jagerfly gjenstår å se. Studioet jobber angivelig med Mortal Kombat 12 i stedet for den antatte Injustice 3, så fans av serien må kanskje ikke vente like lenge som forrige gang for å finne ut av det.
Mortal Kombat 12 ryktes å være under utvikling.