Mortal Kombat 11 har många nya och återkommande fighters, men på grund av berättelsehändelser och andra anledningar kom vissa MKX-karaktärer inte tillbaka.
Huvudantagonisten till Mortal Kombat X, Shinnok, är en mäktig äldste Gud som försöker sy förstörelse över riken. Raiden avbryter Kronikas planer genom att halshugga Shinnok och göra honom permanent oförmögen. Shinnoks färdigheter som trollkarl matchas endast av demonen Quan Chi som försökte släppa Shinnok från fängelset i historien om Mortal Kombat X. Under detta får Scorpion veta att Quan Chi är ansvarig för mordet på sin klan och familj och halshögg honom som hämnd. Kenshi ser detta och Shinnoks flykt från att bli fängslad, men blir utslagen och ses inte igen förrän Mortal Kombat 11.
I Mortal Kombat 11:s Krypt kan spelare hitta Kenshis döda kropp och hans röda ögonbindel som gör att andar kan ses. I Krypt finns också den fyrarmade Shokan, Goro. Hans kropp kan hittas i Goro’s Lair-delen av Krypt. I det förra spelet var Ferra/Torr en fan-favorit fighter trots att han inte hade en stor roll i historien. En interaktion mellan Kollector och D’Vorah i Mortal Kombat 11 gör att den senare hävdar att de har hittat båda deras kroppar. Om man tror, så dog antingen duon av okända orsaker eller D’Vorah själv. En av de äldsta fighters, Ermac, dyker inte upp i Mortal Kombat 11. Efter Shinnoks nederlag är hans nuvarande status fortfarande okänd.
Cameo Fighters
Det finns tre fighters i Mortal Kombat X som, även om de inte är spelbara i MK11, fortfarande har små cameos. Takeda Takahashi sågs senast hålla hand med andra nykomlingen Jacqui Briggs i Mortal Kombat X. Det har avslöjats att paret har gift sig under tiden mellan spelen, vilket representerar ett sällsynt lyckligt slut för serien. En annan cameo fighter är Kung Jin som gör sitt framträdande i flera tornmodifierare och öppna kampdialoger. Sist men inte minst är den älskade Reptilen, som många hoppades på i ett Kombat Pack. Han är för närvarande vid liv som sett i Krypt-läget. Det finns också flera referenser till honom, som Shang Tsungs glidförmåga och Scorpions alternativa skinn.
Varje enskild DLC-fighter för Mortal Kombat X dyker inte heller upp i MK11. Detta är föga förvånande med tanke på att dessa fighters alltid inte är relaterade till historien och mer är bara sätt för Netherrealm Studios att experimentera. Om någon av de tidigare nämnda fighters kommer att komma tillbaka från de döda på något sätt eller göra ett nytt framträdande som en fullfjädrad fighter återstår att se. Studion jobbar enligt uppgift på Mortal Kombat 12 istället för den antagna Injustice 3, så fans av serien kanske inte behöver vänta lika länge som förra gången för att få reda på det.
Mortal Kombat 12 ryktas vara under utveckling.