W Lost Judgment istnieje dziesięć historii szkolnych, w które gracze mogą zagłębić się w grę, z których wiele oferuje własne, unikalne i przyjemne minigry.

Dostępne od	Rozdział 2: Błędny cykl
Odblokuj wymagania	Zostań zewnętrznym doradcą klubu (automatycznie)
Uzyskane cechy przywódcze	Nie dotyczy
Główna lokalizacja	Liceum Seiryo, 1F

MRC to nie tylko pierwsza historia szkolna, do której gracze uzyskają dostęp, ale także ostatnia, którą ukończą. Widzi, jak Tak i Amasawa prowadzą śledztwo w sprawie Profesora: tajemniczej postaci powiązanej z nikczemnymi działaniami w całym mieście. Jest to zdecydowanie najbardziej rozbudowana z dziesięciu historii, ale tak naprawdę nie zaczyna się, dopóki pozostałe dziewięć nie zostanie w pełni zbadane.

Klub taneczny

Dostępne od	Rozdział 2: Błędny cykl
Odblokuj wymagania	Ukończ samouczek MRC (automatycznie)
Uzyskane cechy przywódcze	Praca zespołowa i odwołanie
Główna lokalizacja	Liceum Seiryo, B1F

Dochodzenie klubu tanecznego pokazuje, że Tak zostaje zewnętrznym doradcą dla Seiryo Rabbits: trupy tanecznej, która ma wielkie marzenia o występach na arenie krajowej. Gracze będą musieli wziąć udział w minigrze opartej na rytmie, a także ukończyć kilka mini-śledztw, aby pomóc im osiągnąć swój cel.

Klub Robotyki

Dostępne od	Rozdział 3: Dwie strony tej samej monety
Odblokuj wymagania	Pierwsze miejsce w drugim konkursie Klubu Tańca
Uzyskane cechy przywódcze	Praca zespołowa i koncentracja
Główna lokalizacja	Liceum Seiryo, 4F

Kiedy na miejscu zbrodni zostają znalezione charakterystyczne bełty Klubu Robotyki Seiryo High, Amasawa sugeruje, by Tak przeprowadził śledztwo. Aby zdobyć ich zaufanie i dotrzeć do sedna tajemnicy, gracze będą musieli ukończyć minigrę opartą na terytorium z udziałem robotów i pomóc klubowi wygrać zawody Robot RE Rally.

Sala bokserska

Dostępne od	Rozdział 3: Dwie strony tej samej monety
Odblokuj wymagania	Osiągnij poziom 2 w skupieniu
Uzyskane cechy przywódcze	Skupienie i odwaga
Główna lokalizacja	Siłownia bokserska Todoroki

Kiedy tajemnicza postać znana jako Payback Boxer zaczyna atakować ludzi, Tak zapisuje się do lokalnej sali bokserskiej, aby dowiedzieć się, kto stoi za atakami. Gracze będą musieli pokonać wielu bokserów, aby zakończyć śledztwo, a także pomóc Bokserowi Payback pokonać demona z jego przeszłości.

Gang motocyklistów

Dostępne od	Rozdział 3: Dwie strony tej samej monety
Odblokuj wymagania	Osiągnij poziom 2 w Guts
Uzyskane cechy przywódcze	Odwołanie i odwaga
Główna lokalizacja	Garaż

W śledztwie Biker Gang gracze biorą udział w specjalnej minigrze Death Race, której celem jest infiltracja i rozwiązanie lokalnego gangu motocyklowego. Będą musieli ukończyć w sumie 12 z tych wyścigów, z których każdy jest trudniejszy od poprzedniego. Jest też misja śledzenia i kilka kolorowych postaci.

Klub Fotograficzny

Dostępne od	Rozdział 3: Dwie strony tej samej monety
Odblokuj wymagania	Osiągnij poziom 5 w dowolnej kategorii przywództwa
Uzyskane cechy przywódcze	Centrum
Główna lokalizacja	Liceum Seiryo, 3F

Klub fotograficzny to jedna z krótszych historii szkolnych w Lost Judgement, w której gracze muszą po prostu zrobić trzy zdjęcia, aby je ukończyć. Ostatnia poprzedzona jest dość irytującą misją infiltracyjną, która może wymagać kilku prób opanowania przez niektórych graczy.

Łyżwiarze

Dostępne od	Rozdział 3: Dwie strony tej samej monety
Odblokuj wymagania	Osiągnij poziom 3 w pracy zespołowej
Uzyskane cechy przywódcze	Odwołanie i skupienie
Główna lokalizacja	Park Hamakita

Choć z pewnością funkcjonalna, mini-gra o deskorolce, która jest częścią fabuły Skaters, jest niesamowicie prosta. Dobrą wiadomością jest to, że jest również bardzo krótki, a gracze muszą po prostu ukończyć kilka biegów, aby odkryć prawdę o parze zwaśnionych łyżwiarzy.

Klub e-sportowy

Dostępne od	Rozdział 3: Dwie strony tej samej monety
Odblokuj wymagania	Osiągnij poziom 2 w apelacji
Uzyskane cechy przywódcze	Centrum
Główna lokalizacja	Liceum Seiryo, 4F

Śledztwo eSports Club również trwa dość krótko. Gracze będą musieli dowiedzieć się, czy lider klubu oszukiwał w ostatnim turnieju, ale nie będą w stanie tego zrobić, dopóki nie pokonają wszystkich członków klubu w grze Virtua Fighter 5 Final Showdown. Na szczęście wszystkie są dość złe, więc nie powinno to zająć więcej niż kilka minut.

Kasyno

Dostępne od	Rozdział 4: Czerwony nóż
Odblokuj wymagania	Pokonaj Klub Badawczy Robotów Ikeda Technical College
Uzyskane cechy przywódcze	Skupienie i odwaga
Główna lokalizacja	Tajne kasyno

Historia kasyna wymaga od graczy zbadania prezesa Board Games Club, który niedawno zaczął grać w podziemnym kasynie. Aby zakończyć krótkie śledztwo, będą musieli podążać za nią do kasyna, uzyskać dostęp, a następnie znaleźć sposób na zniweczenie jej niezwykłych umiejętności czytania, aby pokonać ją w pokerze.

Bar dla dziewcząt

Dostępne od	Rozdział 4: Czerwony nóż
Odblokuj wymagania	Tail Bomber jako część fabuły Biker Gang
Uzyskane cechy przywódcze	Odwołanie
Główna lokalizacja	Ugryzienie dziewczyny

Aby ukończyć historię Girl’s Bar School Story, gracze będą musieli zdobyć zaufanie popularnej pracowniczki Girl’s Bar, stając się stałym bywalcem jej klubu i zaprzyjaźniając się z kilkoma jej współpracownikami. Można to zrobić, kupując im napoje, a następnie grając w pijaną mini-grę w konstruowanie zdań lub uderzając w rzutki. Jest to również jedyny sposób na odblokowanie kilku przypadków pobocznych w grze, dlatego zdecydowanie warto go ukończyć, mimo że jest nieco nudny.